2階の展示は、大き4つに分割されています。まず、2階入口付近に「皇民化」と日本国内の思想統制のコーナーがあり、更に端島や高島などへの朝鮮人強制連行、及び中国人強制連行がコーナー化されています。第2のコーナーは日本軍「慰安婦」問題、第3は南京大虐殺、731部隊を含む「日本はなぜ無責任でありつづけるのか」のコーナー、そして最後の第4が戦後補償問題、弾圧に抗し戦争に反対した人々、そして資料館設立を提唱した岡正治さんのコーナーです。さらに、2階から3階へあがる階段部分には、元毎日新聞記者・大賀和男さんの写真展示もあります。